故事背景设定在巴西的亚马逊丛林中，讲述了一群人克服重重险阻寻找“丛林之心”的故事。船长勒贝克接受了阿曼达兄妹和薇拉的包船请求，带领他们去寻找失踪的考古学家，也就是阿曼达的父亲内森。薇拉作为雇佣内森的公司代表，和兄妹俩之间有所介怀。两组人之间的紧张关系与他们面临的来自当地野生动物和神秘丛林神祇的威胁相比，显得微不足道。根据内森日记的内容，一行人前往传说中的“桑赛伊达”，找到了守护丛林的绿宝石“丛林之心”。最终，薇拉牺牲，父女三人逃脱了险境，同时告诫世人要对这片土地具有敬畏之心。电影的剧情充满了惊险和刺激，阿曼达和薇拉在丛林中遭遇了各种危险，包括毒箭蛙、食人鱼、巨蟒、蜘蛛，甚至是敌对的部落。《神秘奇航》是一部充满冒险和惊喜的电影，它展示了人类的勇气、决心和对未知的探索，同时也对生态破坏问题提出了警示。动画